2012年楚雄州、红河州、临沧市继续探索开展农村居民大病补充医疗保险工作，参合农民在参加新农合的基础上每人再缴费20元参加大病补充医疗保险，对达到2000元-3000元的自付部分以上补偿40%-50%，封顶线为6万元- 10万元。2012年3个州（市）参保人员达到299.25万人，有22077人享受到大病补充保险赔付。玉溪市在本级财政支持下，全面开展大病费用再次补偿工作，对单次住院费用达１万元以上（含）的参合患者，扣除按新农合规定报销金额后，对符合新农合报销政策的自付部分，再次给予５０％的报销补助，有11669人享受到大病再次补偿。2012年，大理州永平县、鹤庆县由县财政安排专项资金100万元，同时由新农合基金中再划拨200万元组成大病救助基金。对住院参合患者医疗费用在新农合补偿和民政医疗救助后，自付费用达到5000元以上（含5000元）的，由大病救助基金再补偿50%。大病救助基金不再设起付线，每人每年大病救助基金支付的医疗费用最高限额为2万元，2012年5月启动以来，2县共有586人享受到大病救助基金补偿。大病补充保险工作使参合农民受益水平进一步提高，在一定程度上减轻了参合农民的大额医疗费用负担。